Pierwszego września 1939 roku Polska została zaatakowana z trzech stron przez wojska hitlerowskie, a niecałe trzy tygodnie później wschodnią granicę Rzeczypospolitej przekroczyła Armia Czerwona. Piłkarze zamiast zmagać się w sportowych pojedynkach na boiskach musieli przywdziać mundury i stanąć do walki z najeźdźcami. W Kampanii Wrześniowej brało udział wielu byłych i ówczesnych zawodników „Czarnych Koszul”. Swoją bohaterską postawę przypłacili życiem - Andrzej Nowikow, Mieczysław Miączyński, Stefan Zantman oraz Janusz Pigłowski.
Po przeszło miesiącu ciężkich walk Kampania Wrześniowa zakończyła się klęską, części polskich oddziałów udało się przejść do Rumunii, a stamtąd do Francji i Anglii. Wśród żołnierzy, którzy kontynuowali walkę z hitlerowcami poza granicami kraju byli między innymi ex-gracze KSP jak Krygier, Tupalski, Jaworski czy Keller. Ci co pozostali w okupowanym kraju nierzadko przystępowali do ruchu oporu, czynnie rzucając się w wir walki z wrogiem.
Jedną z form oporu była organizacja konspiracyjnych spotkań piłkarskich. Zawody sportowe z udziałem polskich zawodników zostały przez Niemców zakazane, kluby rozwiązane, a ich dobytek zagrabiony. Tak jak zamykanie uczelni, czy niszczenie kultury, tak samo represje wymierzone w świat sportu miały jasno określony cel - zniszczyć ducha polskiego narodu. Polonia jako klub straciła w październiku 1939 rok cały swój majątek łącznie z bezcennymi pamiątkami, stadion, możliwość przeprowadzania treningów i rozgrywania meczy. Szybko jednak znaleźli się ludzie dzięki którym Warszawa była najprężniej działającym ośrodkiem futbolu w okupowanym kraju.
Mimo ogromnego niebezpieczeństwa warszawska młodzież z zapałem grywała w piłkę. Wprost trudno w to uwierzyć, ale przez kilka lat wojny praktycznie nie doszło do żadnej poważniejszej wpadki co świadczy jak solidarne było środowisko piłkarskie. A przecież na niektórych meczach bywało po kilka tysięcy kibiców! Były to chyba największe konspiracyjne spotkania w historii II Wojny Światowej. Brak słów uznania dla organizatorów meczów futbolowych, którzy narażając własne życie potrafili znaleźć odpowiednie boiska, zorganizować fundusze na przeprowadzanie turniejów, zaopiekować się młodzieżą i zapewnić jej ochronę przed represjami ze strony Niemców. Ogromne zasługi w odbudowie stołecznego piłkarstwa mieli poloniści Stanisław Maszner, Zenon Odrowąż, a przede wszystkim znakomity niegdyś napastnik Legii i Polonii prof. Józef Ciszewski. Już wiosną 1940 zorganizował on turniej drużyn osiedlowych na Polach Mokotowskich, który wygrała studencka drużyna Błysk z pobliskiego osiedla Staszica (grał w niej m.in. Leonard Szczawiński, późniejszy polonista).
Latem 1940 nastąpiło ożywienie w warszawskim futbolu. Piłkarze przedwojennej Polonii zgrupowali się w dwóch nowopowstałych drużynach - KS Bimber został założony przez bramkarza Polonii Kazimierza Lecha, jak widać człowieka obdarzonego sporym poczuciem humoru, natomiast KS Czarni (początkowo Warszawskie Towarzystwo Czarnych) skupiał czołowych graczy KSP z końca lat 30-tych w tym Szczepaniaka, Odrowąża i Gierwatowskiego. W drugiej połowie 1940 zorganizowano nawet nieoficjalne mistrzostwa Warszawy. W pierwszym turnieju zwyciężyła drużyna Grochowa, w której zresztą także grali byli i przyszli poloniści (m.in. Tomasiewicz i Borucz), a trzecie miejsce zajęło Osiedle Koło (z Brzozowskim i Justynowiczem). W finale organizowanych równolegle zawodów Czarni pokonali 3:1 KS Bimber.
Na wiosnę 1941 roku przedstawiciele klubów warszawskich powołali komitet organizacyjny, który miał się zająć organizacją turnieju o puchar ufundowany przez stołecznych kibiców. Na czele komitetu znaleźli się ludzie związani mocno z Polonią jak Ciszewski, Maszner i Szulc. Mecze nadal rozgrywane były na Polach Mokotowskich i cieszyły się takim powodzeniem, że wkrótce zwróciły uwagę Niemców. Przedwojenny trener Ferenczi, będący konfidentem gestapo, chodził i wypytywał się kibiców o organizatorów turnieju, z marnym zresztą skutkiem, ale ze względów bezpieczeństwa Stanisław Maszner musiał wyjechać na prowincję, a rozgrywanie meczów przeniesiono w inne miejsca - do Parku Paderewskiego i zasłonięte przez kamienice boisko na Podskarbińskiej na Pradze. Turniej zakończył się zwycięstwem Osiedla przed Grochowem i Okęciem. W 1941 drużyna Czarnych uchodząca za spadkobiercę Polonii spotykała się okazjonalnie z klubami zamiejscowymi, przegrywając m.in. w Krakowie z Wisłą 0:4 i pokonując 4:1 Podhale Nowy Targ, jednak ze względu na nieformalny charakter zespół nie startował w stołecznych turniejach.
Z początkiem 1942 powstał komitet będący zalążkiem konspiracyjnego WOZPN-u. Reaktywowana została też Polonia, aby móc wziąć udział w pierwszych okupacyjnych mistrzostwach Warszawy. Na zebraniu w mieszkaniu Zenona Odrowąża postanowiono zlikwidować KS Czarnych i KS Bimber, a do klubu zgłosiło też akces kilku polonistów rozsianych po innych zespołach. Kierownikiem sportowym został Odrowąż, a administracyjnym Maszner, wsparcia finansowego udzielał Jan Habich, a później znakomity aktor Adolf Dymsza. Przywrócona do życia KSP miała skład na tyle silny, że w 1942 roku z 30 spotkań, które rozegrała tylko jedno nie zakończyło się jej zwycięstwem - 2:2 z Falą podczas rozgrywek o mistrzostwo stolicy. Z innych drużyn wymagającymi rywalami okazały się Okęcie, które jedyne punkty straciło po porażce 1:3 właśnie z Polonią i Olimpia, która z kolei przegrała tylko z „Czarnymi Koszulami” (0:1) i Okęciem.
Same rozgrywki przyciągały tłumy kibiców, często nie mniejsze niż przedwojenne mecze ligowe. O terminie spotkań rozgrywanych na peryferyjnych boiskach stolicy i podwarszawskich miejscowości kibice informowali się bezpośrednio między sobą, albo dowiadywali się od zawodników, czy w budce z artykułami spożywczymi prowadzoną przez Masznera za Żelazną Bramą. Mimo ogromnego niebezpieczeństwa wpadki przy organizacji tak dużych imprez jak spotkania piłkarskie, mimo terroru stosowanego przez okupanta, wszystkie mecze udawało się szczęśliwie rozegrać. Było to możliwe wyłącznie dzięki znakomitej organizacji oraz ogromnej solidarności i patriotyzmowi wszystkich warszawiaków związanych z futbolem. Rywalizacja sportowa była ważna, ale jeszcze ważniejsze było koleżeństwo i przyjaźni zawarte podczas okupacyjnych meczów. Piłka zapewniała nie tylko możliwość podniesienia nieco kultury fizycznej warszawskiej młodzieży, ale przede wszystkim wiązała ją ze sobą, wytwarzała poczucie wspólnoty, którą hitlerowcy tak usilnie starli się zniszczyć.
W roku 1943 w sposób przerażający zaostrzył się terror okupanta wobec ludności polskiej, trwała eksterminacja Żydów i Cyganów, nasilały się działania oddziałów partyzanckich, na które hitlerowcy odpowiadali coraz okrutniejszymi prześladowaniami ludności cywilnej. Nie zatrzymało to jednak konspiracyjnej działalności piłkarskiej, jakby wbrew wszelkiej logice przybrała ona jeszcze na sile. Na początku roku w mieszkaniu Stanisława Masznera przedstawiciele 30 istniejących klubów stolicy i jej satelickich miejscowości powołali do życia podziemny WOZPN. Ustalono również terminarz i zasady II okupacyjnych mistrzostw Warszawy, do których dopuszczono 10 drużyn (w tym 6 ze stolicy). Przed spotkaniami mistrzowskimi w Święta Wielkanocne reprezentacja Warszawy, grająca w strojach Polonii zremisowała 1:1 z silną reprezentacją Krakowa. Rozgrywki rozpoczęły się 2 maja, dla Polonii zresztą nad wyraz udanie, bo pokonała mocny zespół Piaseczna aż 7:1. Podobnie jak przed rokiem „Czarne Koszule” nie znalazły w stolicy pogromcy, a jedynie Wawelowi udało się im urwać punkt (po remisie 1:1).
W drugiej połowie roku miało miejsce jedno z najtragiczniejszych wydarzeń w historii Polonii. Ze względu na prześladowania ze strony Niemców znacznie ograniczono liczbę meczów piłkarskich i rozgrywano je wyłącznie w peryferyjnych miejscowościach jak Rembertów, Ożarów czy Pruszków. Podczas wyjazdu na taki właśnie mecz, z Jedwabnikiem w Milanówku, piłkarze i kibice Polonii wpadli w łapankę na dworcu kolejowym. Cześć zdążyła wskoczyć do ruszającego pociągu, reszta została zatrzymana przez hitlerowców. Po jakimś czasie zwolniono jedynie sędziego Romanowskiego oraz dwóch piłkarzy Kondrackiego i Michałowskiego. Pozostałych, w tym bramkarza Gromelskiego, czekał tragiczny los - zostali wywiezieni do Oświęcimia, co w zasadzie równało się wyrokowi śmierci. W Auschwitz zostali zamordowani też inni gracze „Czarnych Koszul”, Twardo, Dzierzbicki oraz pamiętający jeszcze przedwojenne występy w lidze Zygmunt Matusik, a podczas zbiorowej egzekucji w Dossel zginął rotmistrz Stefan Pronaszko, najlepszy napastnik Polonii w okresie I Wojny Światowej (inne źródła podawały, że poległ podczas Kampanii Wrześniowej). Futboliści najstarszego warszawskiego klubu znajdywali śmierć nie tylko w hitlerowskich obozach kaźni, w Katyniu zostali zamordowani przez NKWD Julian Niemczyński, podobnie jak Pronaszko gracz Polonii w jej pionierskim okresie działalności, a także Tadeusz Walczak, który przyszedł do drużyny z Legii, razem z braćmi Bułanowami. Wielu polonistów działalności konspiracyjnej nie ograniczało wyłącznie do organizacji nielegalnych spotkań piłkarskich. Mecenas Michał Hamburger, kiedyś znakomity napastnik, tuż po kapitulacji stolicy, w której obronie wziął czynny udział, wstąpił do Związku Walki Zbrojnej (przekształconego później w AK). Mimo problemów z konfidentami i szpiclami gestapo potrafił zachować pogodę ducha. Na jesieni 1943 kiedy o mały włos nie został postrzelony żartował, że kule się go nie imają. Tydzień po tym wydarzeniu został rozpoznany przez gestapowca na ulicy Kruczej. Szpicel zaczął strzelać do uciekającego Hamburgera i śmiertelnie go ranił. Mecenas zdołał jeszcze dobiec do Placu Trzech Krzyży gdzie stracił przytomność. Nie pomogła natychmiastowa operacja w Szpitalu Ujazdowskim, rany były zbyt ciężkie. Michał Hamburger został pochowany na cmentarzu ewangelickim w Warszawie.
Nie wszyscy piłkarze grający w barwach Polonii wykazali się patriotyzmem w momencie wkroczenia wojsk hitlerowskich na tereny Rzeczypospolitej. Trzeba jednak pamiętać, że w przedwojennym składzie „Czarnych Koszul” grało wielu Ślązaków, z których część miała niemieckie korzenie. Hitlerowcy uznali mieszkańców Śląska (tak samo jak Kaszubów) za Niemców, nie bardzo dbając o ich zdanie na ten temat. Nie podpisanie przez Ślązaka volkslisty mogło zakończyć się obozem koncentracyjnym, a w najlepszym razie szykanami ze strony gestapo. Nic więc dziwnego, że wielu ludzi zgodziło się lub zostało zmuszonych do kolaboracji. Nie inaczej było ze sportowcami - obliczono, że ponad 60 % przedwojennych sportowców śląskich podczas okupacji występowało w niemieckich klubach. W zależności od stopnia zaangażowania w faszystowskie organizacje sportowe, po 1945 spadały na nich większe czy mniejsze kary. Ex-polonistów braci Pazurków wpisano na listę „zdrajców narodu”, a młodszego Józefa postawiono w 1947 roku przed sądem - za grę w hitlerowskiej drużynie DTSG i reprezentacji Generalnej Guberni został skazany na 3,5 roku więzienia. Wielu zawodników jak chociażby Kulę zdyskwalifikowano dożywotnio, łagodniej za to komisja rewizyjna obeszła się z najlepszym chyba śląskim piłkarzem jaki grał przed wojną w Polonii - Erwinem Nytzem. Ten jedenastokrotny reprezentant Polski, podczas wojny podpisał volkslistę i również grał w niemieckim klubie, ale przed sądem zeznawał, że otrzymał na to słowne zezwolenie od Józefa Kałuży, wybitnego piłkarza i w zasadzie selekcjonera reprezentacji narodowej w latach 30-tych. Zresztą kiedy Nytz bywał w Warszawie starał się jak mógł pomagać swoim kolegom z przedwojennej Polonii. W Krakowie zresztą podczas okupacji hitlerowska administracja zezwalała Polakom na grę w piłkę i mecze nie miały tam charakteru konspiracyjnego jak w Warszawie. Wracając do Nytza to (podobnie jak w stosunku do kilku futbolistów chorzowskich) przymknięto oko na jego winy i pozwolono mu wrócić do macierzystej Pogoni Katowice. Nie wszyscy Ślązacy zgodzili się współpracować z Niemcami - Walery Kisieliński przeżył wojnę i w połowie lat 40-tych wystąpił jeszcze parę razy w zespole „Czarnych Koszul”. Warto nadmienić jeszcze, że w 1945 został aresztowany przez milicję za kolaborację Ernest Wilimowski, najlepszy chyba piłkarz w przedwojennej lidze polskiej. Krakowska gazeta „Start” zamieściła wówczas artykuł, że Polonia stara się o zwolnienie Wilimowskiego by zaangażować go do swojej drużyny - działacze warszawskiego klubu zareagowali z oburzeniem na insynuacje pisma, które próbowało przyciągnąć do siebie czytelników kaczkami dziennikarskimi nie najwyższego lotu.
Dosyć niejasne są losy Polonii w roku 1944. Jedno jest pewne, że klub nie wziął udziału w wiosennej fazie rozgrywek mistrzowskich przerwanych przez wybuch Powstania. Trudno dziś jednoznacznie stwierdzić czy Polonia sama się wycofała, czy nie została do nich dopuszczona przez WOZPN. Powodem tej dość dziwnej sytuacji był fakt występowania kilku graczy „Czarnych Koszul” w drużynie istniejącej przy niemieckiej firmie WC Toebbens z ulicy Płockiej. Pozostali zawodnicy albo przeszli do innych zespołów, albo nie grali w ogóle. Prawdą jest, że WOZPN nie mógł się zgodzić na występ w mistrzostwach drużyny Toebbensa, ale posądzenia o kolaborację są chyba sporą przesadą. Fakt, że zakład ten zajmował się produkcją na potrzeby niemieckiego wojska, ale zatrudnieni w nim pracownicy mogli dzięki temu uniknąć wywózki na roboty czy do obozów koncentracyjnych. Większość graczy Polonii należała do Armii Krajowej i „mocne papiery” były im szczególnie potrzebne. Drużyna została utworzona przez kierownika firmy Ludwika Marmora, pochodzącego z Krakowa wielkiego miłośnika piłki kopanej. Wielu piłkarzy wspominało pomoc materialną jaką dzięki niemu otrzymywali, co w niedożywionej Warszawie miało ogromne znaczenie. W dodatku Marmor przymykał oko na nierzetelną pracę i wynoszenie z niemieckich magazynów firmy króliczych futerek, w których później paradowały po ulicach warszawskie elegantki. Trzeba też pamiętać, że kolaboracja z okupantem była surowo karana przez podziemie zbrojne, a Marmor nigdy jakoś nie stał się przedmiotem zainteresowania odpowiednich komórek AK, nie czyniono mu również problemów z powodu pracy w Toebbensie w powojennej Polsce, nie mówiąc już o tym, że w trakcie Powstania natychmiast rozstrzeliwano każdego komu udowodniono współpracę z nazistami. Tuż po wyzwoleniu Marmor przez pewien okres był bardzo aktywnym działaczem „Czarnych Koszul” jako właściciel sklepu kuśnierskiego wspierając klub pomocą finansowa.
Polonia przed zakończeniem pierwszej fazy rozgrywek ponownie zorganizowała się jako samodzielna drużyna bez patronatu Toebbensa i była gotowa przystąpić do meczów jesiennych, ale 1 sierpnia wybuchło Powstanie Warszawskie, najtragiczniejsze wydarzenie w historii stolicy Polski. Po dwóch miesiącach nierównej walki warszawskiej młodzieży z niemieckimi czołgami Powstanie upadło - w wyniku walk, bombardowań i eksterminacji ludności cywilnej przez hitlerowców życie straciło ponad 200 tysięcy mieszkańców stolicy, a samo miasto będące przed wojną perłą architektury klasycystycznej zostało zamienione w ciągnące się kilometrami gruzowisko. Barokowe Stare Miasto będące zabytkiem klasy zerowej praktycznie znikło z powierzchni ziemi, a niepowtarzalny atmosfera i charakter miasta zostały bezpowrotnie utracone. W powstańczych walkach życie stracili Ludwik Skrzypek i Aleksander „Przybysz” Justynowicz, przedwojenni gracze „Czarnych Koszul”, a ciężko ranny Tadeusz Gebethner, dowódca powstańczego odcinka w Politechnice Warszawskiej zmarł w szpitalu w obozie w Altengrabow. Wielu jak Wacław Loth IV, Tadeusz Świcarz, Stanisław Woźniak zostało wywiezionych przez hitlerowców do obozów.
Podczas całego okresu okupacji zginęła prawie połowa przedwojennych mieszkańców stolicy - w obronie miasta podczas Kampanii Wrześniowej, w zbiorowych egzekucjach, w kaźniach na Pawiaku i na Szucha, w tragedii warszawskiego Getta, w hitlerowskich obozach, w walce z okupantem czy wreszcie w bohaterskim zrywie powstańczym. Warszawa była miastem szczególnie znienawidzonym przez Hitlera, głównie ze względu na niepokorny i dumny charakter jej mieszkańców, którzy nie kwapili się uginać karku pod butem najeźdźcy. Mimo, że prześladowania i terror prowadzone były tu na największą skalę i ze szczególnym okrucieństwem, wbrew wszelkiej logice konspiracja w Warszawie była najsilniejsza ze wszystkich okupowanych miast Europy, a czynny opór, zamachy, rozbrajanie Niemców, akcje sabotażowe stały na porządku dziennym. I w takich warunkach, w stanie skrajnego zagrożenia, gdzie trudno było sobie wyobrazić jak można w ogóle rozegrać spotkanie piłkarskie, stolica dorobiła się pokolenia futbolistów, którzy mieli zdobyć dla Warszawy pierwsze w historii mistrzostwo Polski w piłce nożnej. Może dlatego ta dyscyplina sportu cieszy się taką popularnością na całym świecie -że zdarzają się w niej rzeczy niemożliwe...
