Polonia szybko wyrobiła sobie markę najlepszej drużyny Warszawy, a jej gracze stanowili trzon reprezentacji Koła występującej pod nazwą Warszawianki. Najważniejszy mecz Warszawianka (z siedmioma polonistami w składzie) zagrała tuż przed wybuchem I wojny światowej. Zawitała u nas wtedy jedna z najlepszych wówczas drużyn europejskich, Sparta Praga, nic więc dziwnego, że warszawskim uczniom mocno się trzęsły łydki kiedy wychodzili na boisko. Tym bardziej, że znali wynik z Krakowa gdzie Czesi pokonali silną jak na polskie warunki Cracovię 15:0! Na meczu pojawiła się rekordowa liczba bo prawie tysiąca widzów, by oglądać nie widziany do tej pory na polskich ziemiach popis taktyki oraz umiejętności technicznych. Przy stanie 7:0 gospodarzom udało się zdobyć honorową bramkę co już potraktowano jako sensację, a końcowy rezultat brzmiał 11:1 dla Czechów.
Wybuch I wojny zahamował na pewien czas rozwój warszawskiego piłkarstwa. Ale już w roku 1915 Polonia wysunęła się zdecydowanie na czoło w sportowej rywalizacji bijąc o klasę inne klubu ze swego miasta. Pod koniec tego roku "Czarne Koszule" postanowiły się formalnie przekształcić się w klub sportowy z prawdziwego zdarzenia. Władze carskie nie zezwalały wcześniej na funkcjonowanie żadnych polskich stowarzyszeń piłkarskich i dopiero wkroczenie do Warszawy wojsk niemieckich pozwoliło oficjalnie powołać do życia Klub Sportowy Polonia. 15 X 1915 w lokalu przy ul. Zgoda 12 z inicjatywy studiujących w Warszawie Mariana Strzeleckiego z Łodzi i Stefana Pronaszki z Krakowa oraz reprezentującego Polonię Tadeusza Gebethnera odbyło się zebranie założycielskie najstarszego warszawskiego klubu piłkarskiego, który w niecałe dwa lata później (sierpień 1917) został zalegalizowany przez niemieckie władze okupacyjne. Spowodowało trochę zamieszania na temat prawdziwej daty powstania Polonii, niektóre źródła przez dłuższy czas upierały się na 1915 roku ignorując fakt, że zespół rozgrywał mecze już w 1911, tyle, że jako drużyna szkolna. Warto tymczasem przypomnieć, że również najstarszy polski klub - Czarni Lwów, powstał jako zespół szkolny, podobnie zresztą jak Cracovia czy Wisła - i traktuje się te wydarzenie jako jednoznaczne z datą ich narodzin.
Wracając do Polonii drużyna mimo toczącej się wojny w miarę regularnie rozgrywała mecze piłkarskie. Przeciwnikami były lokalne drużyny odprawiane przez "Czarne Koszule" z pokaźnym bagażem bramkowym oraz wojskowe drużyny legionowe, z którymi warszawiacy zazwyczaj toczyli wyrównane boje. Najsilniejszym przedstawicielem legionów była "Legia" - drużyna założona w Maniewiczach nad Prutem i związana z Komendą Legionów. Od 1917 była to de facto reprezentacja legionów - grali w tym zespole czołowi futboliści galicyjscy związani przed wojną z Cracovią, Wisłą, czy klubami lwowskimi. Po ofensywie rosyjskiej Legia wraz z całą Komendą Legionów trafiła do Warszawy i 29 kwietnia 1917 Polonia rozegrała z nią swój pierwszy, historyczny mecz, choć oczywiście nie były to jeszcze derby, bo Legii nie postrzegano wówczas jako zespołu warszawskiego. W spotkaniu z młodym, uczniowsko-studenckim zespołem wojskowi byli uważani za zdecydowanych faworytów. Tymczasem już po kilku minutach od pierwszego gwizdka Stefan Dąbrowski strzelił bramkę dla warszawiaków. Poloniści podochoceni prowadzeniem zagrali najlepszy swój mecz tego roku, atakując i przeważając przez większą część spotkania, jednak kiedy zbliżała się 90 minuta meczu, a kilka tysięcy kibiców oczekiwało sensacyjnego zakończenie, najlepszy zawodnik Legii Mielech zdobył wyrównująca bramkę, po której sędzia zakończył spotkanie. W maju legioniści chcieli wziąć rewanż na drużynie "Czarnych Koszul", ale i tym razem zdołali jedynie zremisować 1:1. Legioniści sami przyznali, że poloniści są dla nich równorzędnym przeciwnikiem, a warszawska prasa okrzyknęła obie drużyny najlepszymi w Polsce. Jesienią zespoły te miały zmierzyć się z Cracovią (i ewentualnie lwowską Pogonią) w nieoficjalnych "Mistrzostwach Polski", ale trwająca wojna uniemożliwiła zrealizowanie tego przedsięwzięcia. Koniec istnienia wojskowego zespołu wiązał się z internowaniem legionistów po kryzysie przysięgowym.
W lipcu Polonia po raz pierwszy zawitała z wizytą w Galicji, czyli w ówczesnych realiach "zagranicą", by zmierzyć się z miejscowymi zespołami, z którymi piłkarze warszawscy nie grali jeszcze od rozpoczęcia wojny. Po zdobyciu przepustek poloniści ruszyli w wielogodzinną podróż, z pięcioma przesiadkami, III klasą i z kąpielami pod dworcowymi pompami. Do granicy wszystko szło jeszcze niezgorzej bo dzięki znajomościom udało się załatwić miejsca siedzące, ale od Lublina zanosiło się na podróż na dachach wagonów. Na szczęście komendant stacji okazał się byłym graczem wiedeńskiego Rapidu i kiedy dowiedział się, że warszawiacy jadą na mecze ze słynną Pogonią postarał się załatwić miejsce w ciasnych, ale zawsze i tak dużo wygodniejszych przedziałach. Wyniki jakie uzyskali poloniści przeszły wszelkie oczekiwania, z Pogonią "cywilną" wygrali 4:2, a "wojskową" pokonali 5:3. Gra warszawiaków podobała się na tyle, że gościnni gospodarze wymogli na nich rozegranie jeszcze dwóch meczów. Najpierw "wojskowa" Pogoń zrewanżowała się za wcześniejszą porażkę wygrywając 3:2, a następnie wykorzystano fakt, że pobyt polonistów we Lwowie zbiegł się z przyjazdem silnej drużyny węgierskiej MAC Budapeszt, co pozwoliło na rozegranie pierwszego w historii Polonii meczu z drużyną zagraniczną. Tym razem porażka była już wyraźniejsza 1:5, ale najgorsze miało przyjść następnego dnia. Kierownictwo drużyny popełniło błąd by jechać przez całą noc do Krakowa, w kiepskich warunkach, z młodą drużyną zmęczoną czterema poprzednimi występami rozegranymi w ciągu zaledwie tygodnia z silnymi przecież przeciwnikami. Tymczasem po uciążliwej podróży Polonii przyszło się zmierzyć z czołową drużyną polską tego okresu Cracovią. Efektem była najwyższa porażka "Czarnych Koszul" w całej ich historii - 1:10.
Odzyskanie przez Polskę niepodległości w 1918 roku zastało Polonię jako największy i najlepiej funkcjonujący klub warszawski, który bez wstydu mógł się pokazywać w innych piłkarskich ośrodkach odrodzonego kraju. Jednak zakończenie I wojny światowej nie oznaczało pokoju dla Drugiej Rzeczpospolitej. Wręcz przeciwnie, walka o utrzymanie niepodległości toczyła się na wielu frontach, a prawie wszyscy piłkarze Polonii zaraz po wypędzeniu Niemców z Warszawy zgłosili się ochotniczo do polskiego wojska. Nie oznacza to, że w 1919 roku Polonia rozgrywała mniej spotkań piłkarskich, po prostu w pierwszym składzie znaleźli się juniorzy, którzy godnie zastępowali kolegów przebywających na froncie.
Na 1920 zaplanowano wyłonienie klubowego mistrza Polski, ale ze względu na dramatyczną wojnę z komunistyczną Rosją, powstały rok wcześniej PZPN musiał wszystko przełożyć na następnym rok. Nie przeszkodziło to Polonii w rozegraniu wielu towarzyskich meczów, z których największym sukcesem było zwycięstwo 3:2 nad Cracovią, tym bardziej niespodziewane, że skład warszawiaków oparty był głównie na juniorach. W październiku "Czarne Koszule" odbyły natomiast propagandowe tourne po Górnym Śląsku, rozgrywając wiele spotkań z miejscowymi drużynami. Wiązało się to po części z udziałem wielu działaczy i graczy Polonii przy organizacji plebiscytu na terenie Śląska.
Na przełomie 1920 i 1921 doszło do zatargu pomiędzy kierownictwem sekcji piłkarskiej Polonii, a klubowymi juniorami, którzy zostali ukarani naganą za zorganizowanie meczu z Makabim bez powiadomienia działaczy. Złożone odwołanie nie przyniosło skutku i podczas Walnego Zebrania Klubowego młodzi zawodnicy demonstracyjnie opuścili salę krzycząc - "Cześć wam panowie magnaci!" Obie strony nie potrafiły dojść do porozumienia i "zbuntowani" juniorzy postanowili założyć własny klub - tak w styczniu 1921 roku ukonstytuowała się Warszawianka.
