Biorąc pod uwagę chaos jaki panował na Konwiktorskiej w 1960 utrzymanie się Polonii w II lidze z pewnością graniczyło z cudem. Tymczasem przed inauguracją nowego sezonu sytuacja wyglądała jeszcze gorzej niż przed rokiem. Połączenie obu grup drugiej ligi wiązało się z koniecznością rozegrania aż 34 meczów o punkty - dla „Czarnych Koszul”, które zawsze opierały swoją grę na zaangażowaniu i ambicji z pewnością było to wyjątkowo niekorzystne. Doszło też do dalszego poważnego osłabienia składu. Jeszcze pod koniec 1960 roku zdyskwalifikowany został Chomiczuk - jedyny napastnik regularnie pokonujący bramkarzy rywali. Jakby tego było mało do Gwardii przeniósł się Zdzisław Wspaniały na którego barkach do tej pory leżało prowadzenie gry całej drużyny, do Lotnika odszedł najlepszy obrońca - Wojciech Szczepaniak (służba wojskowa), a karierę zakończył Andrzej Śliwa. Z pierwszą drużyną pożegnała się zresztą całkiem spora grupa zawodników - w tym dwóch podstawowych napastników - Janusz Dudek i Bogdan Kalicki. Na Konwiktorską udało się za to pozyskać dwóch doświadczonych graczy Gwardii - Zbigniewa Morawę i Paczkowskiego oraz kilku mniej znanych piłkarzy.
Już 12 marca ruszyły rozgrywki rozbudowanej II ligi. Zdziesiątkowana Polonia przegrała kolejne trzy spotkania i wylądowała na ostatnim miejscu w tabeli. Warszawscy kibice jeśli myśleli, że w zeszłym sezonie skuteczność napastników sięgnęła dna, to musieli szybko zrewidować swoje poglądy, bo prawdziwą beznadzieję przyszło im oglądać dopiero w roku 1961. Poloniści nie potrafili zamienić na bramki nawet rzutów karnych, czy sytuacji kiedy 2 napastników znalazło się przed osamotnionym bramkarzem Arkonii. Pierwszy punkt i bramkę „Czarne Koszule” zdobyły dość niespodziewanie w derbowym spotkaniu z walczącą o powrót do ekstraklasy Gwardią. Dość żywe i stojące na przyzwoitym poziomie spotkanie zakończyło się remisem 1:1. Nie dużo zresztą brakowało, by Polonia zgarnęła komplet punktów, bo tuż przed końcowym gwizdkiem strzał Misiaka trafił w poprzeczkę. Podbudowani dobrą grą w derby poloniści zdołali wreszcie wygrać pierwszy mecz na drugoligowym froncie w 1961 roku pokonując na Konwiktorskiej Bałtyk Gdynia 1:0. Wydawało się, że stołeczni futboliści wreszcie przełamią trapiącą ich niemoc strzelecką, tymczasem z meczu na mecz było coraz gorzej. Napastnicy ustanowili niechlubny „rekord” klubowy strzelając w 14 drugoligowych spotkaniach zaledwie 4 gole! Na Konwiktorskiej zawsze był deficyt na klasowych strzelców, ale to co wyrabiała ofensywa Polonii na wiosnę 1961 po prostu przechodziło wszelkie wyobrażenia. W przedostatniej kolejce Polonia gościła silny zespół krakowskiej Garbarni i ku ogromnej uciesze 6 tysięcy kibiców zdobyła prawie tyle samo goli co przez całą pierwszą część sezonu, wygrywając ostatecznie 4:2.
Nadeszła oczekiwana letnia przerwa w rozgrywkach, która miała dać warszawiakom czas potrzebny do popracowania nad poprawą skuteczności. Na szczęście Polonia uciułała trochę punktów (dokładnie 10) i choć znajdowała się na spadkowym 16 miejscu to do bezpiecznej strefy dystans był bardzo niewielki. Na czele tabeli ulokowała się Gwardia, ale jej przewaga nad resztą stawki też była minimalna.
Runda rewanżowa rozpoczęła się w 1961 roku wyjątkowo wcześnie, już w sierpniu. Pierwszy mecz Polonii ze Śląskiem we Wrocławiu nie wróżył dobrze na przyszłość, bo do poziomu gry napastników postanowili chyba zjechać obrońcy i po ich fatalnych błędach „Czarne Koszule” przegrały 2:4. W następnych meczach również warszawiacy prezentowali raczej mizerną formę, ale głównie dzięki ogromnej ambicji jakoś ciułali jakże potrzebne punkty. Po wyjazdowym zwycięstwie w Krośnie wśród warszawskich kibiców znowu odżyły nadzieje, że ich ulubiony klub uratuję się przed degradacją do III ligi. W bardzo ważnym spotkaniu z Lublinianką piłkarze Polonii cały czas grali przy szalonym dopingu 6 tysięcy wiernych fanów. Gospodarze podochoceni gorącą atmosferą wytworzoną przez publiczność zdołali w drugiej połowie zepchnąć rywali do obrony i zdobyć w dramatycznych okolicznościach decydującą bramkę. W ogromnym zamieszaniu podbramkowym grający pierwszy raz po dyskwalifikacji Cehelik skierował piłkę do bramki rywali, z linii bramkowej odbił ją ręką obrońca gospodarzy, ale zanim sędzia zdążył odgwizdać karnego, do siatki wbił ją głową Paczkowski. W następnej kolejce Polonia grała w Poznaniu z będącą w podobnej trudnej sytuacji Olimpią, więc remis 0:0 był raczej sukcesem drużyny warszawskiej niż gospodarzy. W tym momencie „Czarne Koszule” miały już tylko punkt straty do Arki (znajdującej się na czternastej, bezpiecznej pozycji). Mecz z gdyńskim teamem na Konwiktorskiej miał więc ogromne znaczenie w walce o utrzymanie się w II lidze. Niestety w arcyważnym pojedynku zawiedli gracze, którzy przez pierwszą część sezonu należeli do najlepszych w drużynie. Fatalnie zagrała obrona, a wręcz na kompromitującym poziomie bronił Jerzy Grom. Po 30 minutach „Czarne Koszule” przegrywały już 0:4! Po szokującym początku poloniści powoli zaczęli przejmować inicjatywę. Nieustanne ataki przyniosły im 3 trafienia, ale wcześniejsze straty okazały się zbyt duże do odrobienia i wynik końcowy brzmiał 3:4. Dramatyczny przebieg spotkania z Arką na pewno fatalnie wpłynął na morale zawodników, znowu „zablokowali” się psychicznie napastnicy i mimo ogromnej ambicji wkładanej w grę, drużyna nie była w stanie wygrywać kolejnych pojedynków. Trzy kolejki przed zakończeniem rozgrywek poloniści na własnym stadionie przegrali 0:3 z Unią Racibórz i zostali zdegradowani do III ligi.
W najważniejszym momencie graczom KSP zabrakło odporności na stres i oczekiwania stołecznych kibiców. Potracili punkty w spotkaniach, które byli w stanie rozstrzygnąć na swoją korzyść. A przecież wyniki spotkań o Puchar Stołecznej RN rozegranych na przełomie wrześnie i października pokazują dobitnie, że w tej drużynie drzemały naprawdę spore możliwości. „Czarne Koszule” w półfinale sprawiły ogromną niespodziankę pokonując 2:1 pierwszoligową Legię. Co więcej rywale grali w najsilniejszym składzie, ale przegrali zupełnie zasłużenie. „Czarne Koszule” były też o włos od pokonania w finałowym spotkaniu Gwardii (zdecydowanego lidera II ligi). Co prawda milicyjny team posiadał przez większą część meczu sporą przewagę, ale jego napastnicy marnowali najlepsze sytuacji i nie potrafili pokonać Groma nawet z rzutu karnego. Tymczasem w 70 minucie piłkę do bramki gwardzistów skierował Paczkowski i sensacja wysiała w powietrzu. Kiedy kibice szykowali się już do świętowania sukcesu, 2 minuty przed końcem rywale doprowadzili do wyrównania, o ironia, za sprawą byłego kapitana „Czarnych Koszul” Zdzisława Wspaniałego. W dogrywce gwardziści dorzucili jeszcze dwa gole i ostatecznie wygrali 3:1. Natomiast podobnie jak w na drugoligowym froncie, czyli kompromitująco, „Czarne Koszule” wypadły we wznowionych po kilkuletniej przerwie rozgrywkach Pucharu Polski, przegrywając już w pierwszym spotkaniu 0:3 z A-klasowymi Karkonoszami w Jeleniej Górze.
Najstarszy klub stolicy znowu znalazł się w III lidze, jednak nikt nie spodziewał się, że kwarantanna będzie trwać aż 12 lat. Obok Polonii w strefie spadkowej znalazła się też Olimpia, Calisia i Lublinianka. Awans zgodnie z przewidywaniami wywalczyła Gwardia, a także Arkonia.
Końcowa tabela 2 ligi w 1961 roku
1. Gwardia Warszawa 52 85-26
2. Arkonia Szczecin 46 50-40
3. Naprzód Lipiny 44 73-37
4. Pogoń Szczecin 44 49-36
5. Unia Racibórz 39 68-52
6. Wawel Kraków 39 56-47
7. Unia Tarnów 36 55-46
8. Śląsk Wrocław 35 51-53
9. Stal Rzeszów 34 41-40
10. Garbarnia Kraków 34 61-61
11. Piast Gliwice 31 41-52
12. Arka Gdynia 30 61-70
13. Karpaty Krosno 29 37-53
14. Bałtyk Gdynia 27 37-47
15. Olimpia Poznań 24 59-76
16. Calisia Kalisz 24 37-59
17. Polonia Warszawa 22 32-58
18. Lublinianka Lublin 20 38-77
Polonia mimo ambicji zawodników i wsparcia kibiców nie zdoła się utrzymać w drugiej lidze. Zabrakło szczęścia, umiejętności, ale przede wszystkim środków by wygrać rywalizację z innymi klubami. Z roku na rok z pierwszej drużyny odchodzili najlepsi gracze, a zastępowali ich wychowankowie, czy młodzi zawodnicy pozyskiwani z niższych klas. Gracze Polonii meczami z Legią i Gwardią udowodnili, że od strony czysto sportowej nie są jakimiś nieudacznikami czy dyletantami, ale klub pod względem organizacyjnym i finansowym stał na poziomie III ligi. Federacja kolejarska od początku współpracy wykazywała ograniczone zainteresowanie sytuacją najstarszego klubu stolicy, a to przekładało się na niewielkie środki jakie na niego łożyła. Wystarczało dokładnie tyle by zapewnić sobie dalszą wegetację, ale o nawiązaniu do dawnych sukcesów nie było co nawet marzyć. Nadal jednak Polonia cieszyła się niesłabnącą popularnością wśród warszawiaków i na Konwiktorskiej frekwencja była jedną z najwyższych w drugiej lidze.
