Polonia Warszawa powstała jesienią 1911 roku z połączenia kilku szkolnych warszawskich drużyn. Pomysłodawcą założenia klubu był kapitan Wacław Denhoff-Czarnocki, on też wymyślił nazwę. Na początku zawodnicy grali w biało-czarne pasy i dopiero na wiosnę 1912 roku założyli czarne koszulki. Sprawa wyboru koloru ubrań też zrodziła kilka teorii. Najbardziej "patriotyczna" mówi że czarny kolor wybrano ze względu na żałobę po ojczyźnie, jednakże w rzeczywistości było trochę inaczej. Najprawdopodobniej odpowiedzialny za zdobycie koszulek Janusz Muck zdołał kupić tylko takie. Czarne barwy miały jeszcze jedną zaletę - ubrania nie brudziły się od grania na błotnistym boisku przy Agrykoli. Pierwszy mecz Polonia zagrała z silnym lokalnym rywalem - Koroną. Spotkanie odbyło się 19.11.1911 i zakończyło się wynikiem 4:3 dla Korony. Dopiero dwa lata później, w lutym 1913 roku, Czarne Koszule zagrały w swoich tradycyjnych strojach. Rywalem, tak jak poprzednio, była Korona, ale wynik - 4:0 dla Polonii - był już inny.

29 kwietnia 1917 odbył się pierwszy mecz Polonia-Legia, w którym padł wynik 1:1. Legia była wtedy drużyną frontową, która przyjechała do Warszawy i tu rozgrywała mecze z miejscowymi klubami. Miesiąc później dwie drużyny znowu się spotkały - wynik był identyczny. W pierwszych rozgrywkach o mistrzostwo Polski w 1921 Czarne Koszule zdobyły tytuł wicemistrza. Sukces ten powtórzyły w 1926 roku. Należy pamiętać, że wtedy rozgrywki o mistrzostwo grano systemem pucharowym.

W 1946 roku, grając w zrujnowanej Warszawie, Czarne Koszule zdobyły pierwszy tytuł mistrzowski. Mecz finałowy Polonia grała na stadionie Wojska Polskiego przy Łazienkowskiej. Pokonując 3:2 AKS Chorzów zdobyła pierwszy dla Warszawy tytuł mistrzowski. Stadion przy Konwiktorskiej, położony niedaleko żydowskiego getta, był zrujnowany działaniami wojennymi. W 1952 roku Polonia zdobyła drugie trofeum - Puchar Polski, w finałowym meczu pokonując Legię Warszawa na Łazienkowskiej 1:0. Był to ostatni sukces Czarnych Koszul w tamtych czasach. Polonia spadła do drugiej ligi. Przyczyn degradacji było kilka. Najważniejszą była niechęć komunistycznych władz do Polonii, która kojarzyła się z przedwojenną Warszawą. Pierwsza połowa lat 50-tych to czarny okres stalinizmu, ówczesne władze chciały usunąc wszystko co miało związek z dawną Polską. Każdemu klubowi dano resortowego "sponsora", Polonii przypadła kolej, która, w przeciwieństwie do górników, wojska i milicji, do bogatych nie należała. Trzeba jednak przyznać, że nieudolność działaczy też nie pomogła klubowi w utrzymaniu. Jeszcze kilkanaście lat po spadku na Polonię przychodziły tysiące ludzi. Później stopniowo sympatię Warszawy przejmowała Legia, która mogła się pochwalić znacznymi sukcesami.

W sezonie 1992/93 Polonia Warszawa ponownie zawitała do polskiej elity piłkarskiej. Klub był jednak fatalnie zorganizowany, brak było pieniędzy i bazy treningowej. Czarne Koszule znów wróciły do II ligi, jednak tylko na rok. W sezonie 1995/96 Polonia, razem z Wisłą Kraków, awansowała do I ligi. Na Konwiktorskiej pojawił się Janusz Romanowski, który właśnie wycofał się ze sponsorowania Legii. Od tej pory Polonia nieprzerwanie gra w ekstraklasie. W 1998 roku zdobyła wicemistrzostwo Polski, zaś w 1999 dotarła do półfinału Pucharu Intertoto.

Do sezonu 1999/2000 Polonia nie przystępowała jako faworyt. Pod koniec rundy jesiennej po raz pierwszy w historii Czarne Koszule zostały liderem ekstraklasy. Zespół prowadzili wtedy Jerzy Engel i Dariusz Wdowczyk. W przerwie zimowej sprowadzono kilku znakomitych piłkarzy, m.in Tomasza Wieszczyckiego i Tomasza Kiełbowicza, którzy okazali się bardzo dobrym wzmocnieniem. W rundzie wiosennej Czarne Koszule przegrały tylko dwa mecze (w tym jeden po zapewnieniu tytułu) i jeden zremisowały. Oficjalne mistrzostwo Polonia zapewniła sobie pokonując na Łazienkowskiej Legię Warszawa 3:0. Wcześniej zdobyła Puchar Ligi, zwyciężając na "neutralnym" stadionie Wojska Polskiego Legię 2:1. W lipcu Czarne Koszule potwierdziły swoje panowanie w polskiej piłce, zdobywając Superpuchar po zwycięstwie nad zdobywcą Pucharu Polski Amicą Wronki 4:2. Później Polonia odpadła w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, wcześniej jednak eliminując Dynamo Bukareszt. Jednak nie wszystko na Konwiktorskiej było idealne. Mistrzostwo drużyna zdobyła grając z sztucznie dołączonym tworem - HOOP Polonia Warszawa. Na szczęście sponsor wycofał się kilka miesięcy później. W sezonie 2000/01 Czarne Koszule w lidze grały słabo, jednak zdołały zdobyć Puchar Polski.

Mistrzostwo Polski - 1946, 2000
Wicemistrzostwo Polski - 1921, 1926, 1998
Puchar Polski - 1952, 2001
Puchar Ligi - 2000
Superpuchar - 2000
Mistrzostwo Polski Juniorów U-19 - 1977
Wicemistrzostwo Polski Juniorów U-19 - 2000, 2005